Gubernur Tokyo bernama Yuuichirou Asakura mendapat ancaman bom yang akan meledak pada kereta baru yang akan dia resmikan. Untungnya Conan menemukan bom tersebut dan gubernur pun selamat walaupun kereta tersebut rusak parah. Conan berpikir bahwa pengeboman ini mungkin berhubungan dengan sebuah dam buatan sang gubernur di Niigata yang bernama bendungan Kitanosawa. Conan dan kawan-kawan pun pergi ke tempat tersebut. Sesampai di sana mereka bertemu seseorang yang baru keluar di penjara bernama Keisuke Yamao. Dia di penjara karena dia di duga sebagai pelaku tabrak lari. Korbannya bernama Natsuki Toono. Di pagi keesokan harinya, grup detektif cilik membangunkan seorang anak yang melakukan terapi fisik selama delapan tahun karena terjatuh ke jurang yang bernama Touma Tachihara. Conan berpikir bahwa dia kemungkinan mempunyai hubungan dengan Yamao karena kasus saat dia jatuh ke jurang bersamaan dengan kasus tabrak lari Yamao. Namun Touma sendiri tidak
dapat mengingat apa yang terjadi saat itu. Saat mendaki bukit bersama saudara perempuan Natsuki, Mizuki Toono, teman Yamao bernama Shougo Hikawa ditemukan tewas karena disengat oleh stun-gun saat dia sedang gagal jantung. Conan berhasil menemukan trik pelaku. Dia berpikir bahwa pelakunya adalah Yamao karena sebelumnya Shougolah yang memberi tahu Kogoro bahwa Yamao baru keluar dari penjara dan takut bahwa kasus tersebut diselidiki oleh Kogoro. Di pagi keesokan harinya, Touma mengunjungi makam anjing yang menemukan dirinya jatuh ke jurang. Saat itu dia melihat cahaya mentari pagi di daerah bersalju yang disebut diamond dust. Namun Touma merasa pernah melihat cahaya tersebut sebelum dia jatuh ke jurang. Grup detektif cilik mengajak Touma untuk mengembalikan ingatannya dengan mengajaknya berkeliling. Namun si pelaku ternyata sudah mengawasi Touma dan berniat membunuhnya. Sementara itu Conan menemukan sebuah catatan bahwa Yamao adalah pelaku pencurian permata. Saat dia menelepon Haibara tiba-tiba beberapa bom meledak. Setelah itu Conan dan Haibara menyusul Ayumi, Mitsuhiko, Genta dan Touma untuk menyelamatkan mereka. Namun mereka sendiri diserang pelaku. Setelah lolos dari kejaran si pelaku mereka pergi ke sebuah Gua. Di gua tersebut, Conan memberitahu Touma bahwa Touma sendiri mungkin melihat kasus tabrak lari yang membunuh Natsuki. Mungkin Yamao pergi ke Niigata untuk kabur dari kejaran polisi. Lalu Touma dibawa oleh Yamao untuk dibungkam menggunakan stun-gun. Tapi karena mobilnya terbentur dinding, Touma terbangun dari pingsannya dan berlian curiannya terlempar keluar. Karena cahaya berlian tersebut yang mengingatkan Touma pada cahaya diamond dust. Dan saat dikejar Yamaolah, Touma terjatuh ke dalam jurang. Sesampai di ruang pengoperasian bendungan, ternyata semua penjaga bendungan sudah disengat oleh stun-gun. Dia juga melihat puluhan bom dipasang di bendungan. Sementara itu, Haibara menemukan Takehiko Mutou, pengrajin kayu diserang oleh stun-gun. Di atas bendungan Conan diserang dengan senapan, namun Yamao ditembak oleh Mizuki. Dan ternyata pelaku pembunuhan Natsuki adalah saudara kandungnya sendiri yaitu Mizuki. Mungkin Mizuki menjatuhkan Natsuki agar tertabrak oleh Yamao dan satu-satunya orang yang melihat itu hanyalah Touma. Sementara itu, ternyata bom yang dipasang oleh Yamao aktif. Setelah bom tersebut meledak air bah tersebut mengalir ke distrik Kitanosawa. Conan menggunakan snowboard barunya untuk menghentikan banjir tersebut dengan membuat longsor salju. Walaupun berhasil Conan sendiri tertimbun longsoran tersebut. Dan setiap orang yang selamat namun tertimbun oleh longsoran salju hanya dapat bertahan selama 15 menit. Conan pun dicari oleh Ran, Sonoko, Agasa dan yang lain. Dia pun selamat dengan melempar bola dari sabuknya untuk membuat timbunan salju yang menguburnya terlempar.